Добрый день.
Цитата: Составили акт о выявленных недостатках товара 1 шт.
Уполномоченный представитель исполнителя подписал этот акт?
Претензию исполнителю официально оформили, направили?
Цитата: Какие дополнительные документы необходимо оформить для получения Заказчиком залоговой стоимости давальческой заготовки.
На мой взгляд, кроме упомянутого выше, больше ничего оформлять не нужно. Проследите только, чтобы все обязательные реквизиты присутствовали в этих документах.
На основании акта вы не принимаете одну из заготовок, а на основании претензии производите перерасчёт обязательств исполнителя.
Цитата: Может быть выставить Счет Исполнителю?
Можно, хотя и не обязательно (разве что если по условиям договора все расчёты между сторонами осуществляются исключительно на основании выставленных счетов).
Цитата: 9. При составлении экономическим субъектом первичных учетных документовдопускается:г)использовать в качестве первичныхучетных документов документы, составленные или полученные в процессе деятельности экономического субъекта, в частности, для оформления его гражданско-правовых отношений с контрагентами, работниками, государственными органами, для управления экономическим субъектом (в частности, договор, кассовый чек, квитанция об оплате, авансовый отчет, судебный акт, торговый товарный счет) при условии, что указанные документы содержат все установленные частью 2 статьи 9 Федерального закона "О бухгалтерском учете" обязательные реквизиты первичного учетного документа.
Формулировка "в частности" означает, что список не закрыт и значит может включать и другие разновидности "нестандартных" первичных документов.